Keisaralegur hirðráðgjafi um þarmabakteríur

Ég fékk smá grúskkast í dag og las mér pínulítið til um þann ágæta bæverska barnalækni og örverufræðifrömuð Theodor Escherich, en hann var vænsti maður og stundaði áhugaverðar rannsóknir á þarmabakteríum - bæði sýklum og skaðlausum pöddum. Merkilegur kall, enda ekki hver sem er sem fær sjálfa eðalpödduna E. coli nefnda eftir sér. Ég stakk nokkrum molum inn á Wikipediu sem áhugasamir geta kíkt á. Forfallnir vísindasögunördar geta svo lesið ágætt æviágrip sem birtist í fyrra í Clinical Infectious Diseases, eða kíkt á styttri útgáfu á Whonamedit.com. Hvað er betra lesefni fyrir helgina en þarmabakteríur og ungbarnakólera? Myndin er frá Wikimedia Commons.

Klónun úr frosti

Klónun, eða einræktun*, á flóknum, kynæxlandi lífverum er einkar áhugaverð tækni sem gera má ráð fyrir að verði notadrjúg í líftækni framtíðarinnar. Eins og bændur og aðrir áhugamenn um kynbætur og ræktun nytjastofna þekkja mæta vel, þá eru kynæxlandi lífverur með þeim ósköpum gerðar að erfðaefni beggja foreldra blandast óafturkræft við hverja æxlun, sem gerir hugtakið „hreinræktun" að hálfgerðri merkingarleysu og vilja tilraunir til þess gjarnan enda með ósköpum vegna skyldleikaræktar. Með klónun má, hins vegar, fá afkvæmi sem erfðafræðilega er nákvæm eftirmynd foreldris, nema reyndar hvað varðar þann litla hluta erfðamengisins sem geymt er í hvatberum. Erfðafræðilega er hér því í raun um ígildi kynlausrar æxlunar að ræða. Á myndinni hér til hliðar, sem aðlöguð er af mynd frá Wikimedia Commons, má sjá gróft yfirlit yfir klónunarferlið. Á myndinni er gerður greinarmunur á því hvort klónunin er framkvæmd í þeim tilgangi að mynda heilbrigðan einstakling (æxlunarklónun var skásta orðið sem mér datt í hug yfir reproductive cloning) eða til að mynda frumur til rannsóknanota og/eða lyfjagerðar (therapeutic cloning).

Auk notagildis í landbúnaði og tækni má ætla að klónun geti komið að verulegu gagni við varðveislu tegunda í útrýmingarhættu og jafnvel við að endurvekja tegundir sem dáið hafa út, jafnvel fyrir all nokkru síðan. Þessi rannsókn þeirra Wakayama og félaga við RIKEN-stofnunina í Kóbe og Yókóhama og Jikei-háskóla í Tókýó, sem Mogginn greinir hér stuttlega frá, er mikilvægt skref í þá átt. Grein Wakayama et al. birtist í PNAS, sem er tímarit sem öllum er aðgengilegt, svo ég leyfi mér að setja afrit af greininni hér.

Eins og Arnar Pálsson bendir á í sínu bloggi, þá er DNA býsna stöðugt efni, af lífefnafjölliðu að vera, en þó brotna allar flóknar sameindir niður með tíð og tíma, jafnvel í frosti. Hingað til hefur því ekki verið mögulegt að klóna lífverur út frá erfðaefni sem geymt hefur verið í frosti um lengri tíma, jafnvel ekki við -80°C, sem er það hitastig sem okkur sem fáumst við sameindalíffræðilegar rannsóknir hefur verið innrætt að geyma flest okkar sýni við. Í grein Wakayama et al. eru, hins vegar, klónaðar heilbrigðar mýs út frá erfðaefni sem einangrað var úr músahræjum sem geymd höfðu verið við -20°C (sama hitastig og venjuleg heimilisfrystikista starfar við) í 16 ár, og það án þess að glýceról eða annar „frostlögur" væri til staðar í sýnunum. Raunar benda höfundar á að rannsóknir eins þeirra (Teruhiko Wakayama við RIKEN-stofnunina) hafi áður sýnt að erfðamengi músasæðisfrumna varðveitist óskemmt við frystingu og jafnvel frostþurrkun, og vísa þar í grein í Nature Biotechnology frá 1998. Sextán ár eru auðvitað ekki langur tími í lífsögunni, en þessi rannsókn vekur þó óneitanlega upp vangaveltur um endurlífgun loðfílsins ... nú eða þá geirfuglsins. Skyldi einhversstaðar leynast frosinn geirfugl í Grænlandsjökli? Maður má nú láta sig dreyma Myndirnar eru frá Wikimedia Commons.

*Rétt er að halda því til haga að sameindaklónun sú sem stunduð er á flestum rannsóknastofum í sameindalíffræði er allt annar hlutur. Einræktaðar (væri kannski „eingetnar" betra orð?) lífverur eru því EKKI erfðabreyttar (nema, auðvitað, að sameindaklónun hafi líka átt sér stað ... sem þarf svosem ekkert að vera útilokað).

Klónuðu mús úr frosnum erfðaefnum

Líftækni á Wikipediu

Þau ánægjulegu tíðindi bárust mér núna áðan að eftir nokkurt japl, jaml og fuður höfum við hér í raunvísindaskorinni fengið grænt ljós á að innrita nýja nemendur á þrjár námslínur í grunnnámi um næstkomandi áramót. Það var þá aldrei að það kæmi ekki eitthvað gott út úr kreppunni. Líftæknin er þarna á meðal og sýnist mér að námskráin líti alveg þokkalega út, þó svo reyndar farið lítið fyrir lífvísindum á fyrsta misseri (en síðari misseri verða þá bara þeim mun meira spennandi). Nú er lag fyrir kreppuslegna stúdenta að verða sér úti um menntun sem bæði er skemmtileg og gagnleg. 

Annars hef ég heitið sjálfum mér því að vera duglegri við að auka hróður líftækninnar, ekki aðeins í kennslustofunni og á rannsóknastofunni, heldur einnig úti í hinum stóra heimi. Ég er því aðeins byrjaður að dútla við að skrifa stuttar greinar um líftæknitengd málefni á Wikipediu. Það er svosem ekki mjög mikið að sjá þarna enn, en ég vil minna líftæknifróða lesendur á að margar hendur vinna létt verk og Wikipediu getur hver sem er aukið og endurbætt á einfaldan hátt.

Góðar stundir. 

Hríðarsund

Þá er blessaður veturinn farinn að láta á sér kræla og vonandi að hann staldri nú við lengur en fáeina daga í þetta skiptið. Það hleypur nefnilega óttalegur krakki í mig þegar snjóa festir. Þá vil ég helst vera úti að leika með litlu börnunum. Nú, eða þá í sundi, en af einhverjum ástæðum finnst mér alveg sérstaklega notalegt að synda í snjókomu. Það er einstaklega makindalegt að synda rólegt baksund horfandi upp í mugguna með opinn munn og reyna að ná sem flestum snjóflygsum á útrétta tunguna. Ég mæli sterklega með þessari þerapíu fyrir þá sem eru að fara á taugum yfir einhverri fjármálakreppu þarna í Rigningavík: Bara skella sér hingað norður í dýrðina og öðlast nirvana svamlandi í hríðinni með opið gin. Ef það setjast a.m.k. fimm snjóflygsur á tunguna fyrir hvern syntan metra eru sundtökin hæfilega letileg.

Talandi um sund, þá erum við öll, familían, farin að synda reglulega tvisvar í viku. Það er virkilega gaman að fylgjast með Snæbirni í lauginni. Hann segist syndur sem selur, en mér sýnist þetta nú frekar líkjast ísbjarnarsundi, eins og hann á jú nafn til. Hann á þó ekki í nokkrum vandræðum með að krafla sig áfram og spænir bæði langs og þvers yfir laugina á ótrúlegum hraða fyrir svona lítinn mann.

Það er svo auðvitað búið að halda upp á afmælið hans með pompi og prakt ... ekki sjaldnar en þrisvar. Nú síðast um þarsíðustu helgi og dreif ég nú loks í að skella nokkrum myndum í albúm, eins og sjá má hér til hliðar.

Nóbelinn fyrir GFP

   

Nóbelsverðlaunin í efnafræði í ár hljóta Osamu Shimomura, Martin Chalfie og Roger Y. Tsien. Mbl.is lætur nægja að segja að verðlaunin hafi þeir hlotið fyrir „uppgötvun sína á „græna flúrprótíninu" (GFP)". En, ætli það sé ekki ástæða til að útskýra þetta eitthvað örlítið nánar? Hvað skyldi það vera við þetta prótín umfram önnur sem gefur tilefni til að verðlauna sérstaklega þá sem uppgötvuðu það?

Græna flúrljómandi prótínið (green fluorescent protein) er prótín sem náttúrlega er að finna í marglyttum af Aequorea ættkvísl. Líkt og nafnið bendir til er þetta prótín flúrljómandi, þ.e. það gleypir í sig ljós af einni bylgjulengd (395 nm) og sleppir frá sér ljósi af annarri bylgjulengd (509 nm, sem einmitt er í græna hluta litrófsins). Þessi eiginleiki gerir það að verkum að auðvelt er að staðsetja prótínið í ljóssmásjá sem útbúin hefur verið með ljóssíu (einni eða fleirum) þ.a. aðeins ljós af viðeigandi bylgjulengd(um) sést á smásjármyndinni.

Annar mikilvægur eiginleiki GFP (eða, öllu heldur fjölpeptíðkeðjunnar sem kóðað er fyrir í gfp geninu) er að flestar lífverur, bakteríur, dýr og allt þar á milli, ráða við að mynda starfhæft GFP prótín ef þær hafa aðgang að gfp geninu. Þessi eiginleiki er síður en svo gefinn, því flest prótín þarf að brjóta saman á sértækan hátt og alls óvíst að gefin lífvera geti framkvæmt þá aðgerð rétt á genaafurð úr annarri lífveru. Þetta þýðir að við getum ferjað gfp genið á milli jafnvel fjarskyldustu lífvera og látið þær mynda starfhæft GFP prótín. Það sem meira er, er að við getum í afar mörgum tilvikum skeytt gfp inn í eitthvert þeirra gena sem fyrir eru í gefinni lífveru. Lífveran tjáir svo sitt gen eins og hún á vanda til, en afurðin verður með áhangandi GFP og er, þar af leiðandi, flúrljómandi. Við getum því staðsett viðkomandi genaafurð í frumunni með smásjá, eins og útskýrt var að ofan. Á meðfylgjandi mynd, sem tekin var af Wikimedia Commons, má sjá hvar prótínið septín var staðsett í gerfrumum, sem eru að ganga í gegn um frumuskiptingu, með því að hengja á þau GFP.

GFP er því afar notadrjúgt rannsóknatæki í frumulíffræði og líftækni og skipta þær rannsóknir tugþúsundum þar sem GFP hefur verið notað.

 

Þrír Bandaríkjamenn fá efnafræðinóbelinn

Bjartur afi og myndirnar hans

Þá kem ég því loksins í verk sem ég hef lengi ætlað mér: Að koma einhverjum af málverkunum hans Bjarts afa míns á vefinn.

Bjartur afi, Guðbjartur Oddsson, hefur málað ógrynni af myndum vítt og breitt um landið, gjarnan sem veggskreytingar í félagsheimilum, skólum, sjúkrahúsum, barnahebergjum, eða hvar sem hann annars var að mála í það og það skiptið. Hann hefur nefnilega, að því er virðist ólsökkvandi listsköpunarþorsta, og reytti stanslaust af sér myndir og skreytingar á meðan hann enn gat málað.

Afi er fæddur á Flateyri 1925, annar af alls ellefu börnum Odds Guðmundssonar og Vilhelmínu Jónsdóttur. Á unglingsárum fluttist hann suður til Keflavíkur og stundaði þar sjómennsku í nokkur ár, en hóf svo nám í málaraiðn, fyrst hjá Magnúsi Sæmundssyni og síðar Jóhanni Sigurðssyni. Hann fluttist svo aftur vestur og lauk sveinsprófinu á Ísafirði 1951. Hann starfaði svo óslitið sem málari, fyrst í Bolungarvík, en síðar vítt og breitt um landið, mest á norðurlandi.

Ég bjó svo til albúm hér þar sem sjá má nokkrar mynda hans.

Um myndirnar hans afa

Ég var beðinn að útskýra eitthvað hreyfimyndirnar sem ég hef verið að dunda við að hlaða hér inn á bloggsvæðið mitt og sjá má tengla í hér til hliðar. Mér er auðvitað ljúft að verða við þeirri ósk.

Myndirnar tók afi minn, Ragnar Þorsteinsson kennari. Þær myndir sem ég á í fórum mínum sýnist mér að séu teknar á árunum 1956 til þetta ca. 1962. Afi var óttalegur dillukarl og á þessum árum var hann forfallinn myndasjúklingur. Hann tók reiðinnar býsn af ljósmyndum (finna má nokkrar þeirra hér á þessu bloggsvæði) og einnig all nokkuð af kvikmyndum, 8 mm að ég held (eða var það 16?). Á árunum 1956 til ’73 var afi kennari á Reykjaskóla í Hrútafirði og eru mörg mynskeiðin þaðan og úr nágrenninu, en einnig eru einhver skot úr Eyjafirði, Reykjavík, vegavinnu væntanlega í Dölunum, og svo auðvitað Rússlandsferðinni. Til Rússlands fóru afi og amma 1957 ásamt einhverjum hópi fólks sem ég man nú svosem ekki deili á. Amma var þá ólétt af Gísla, yngsta syninum (sem á heiðurinn af því að hafa komið þessum myndum á stafrænt form), sem skýrir væntanlega hvað hún er veikluleg þarna í kojunni á einum stað í myndinni. Ekki veit ég hvort það var einhver tilgangur með ferðinni annar en bara að heimsækja Fyrirheitna Landið, en það má svosem vel vera að þetta hafi eitthvað tengst skólastarfinu. Afi var alla tíð eldheitur kommúnisti og lofaði Stalín og prísaði löngu eftir að minning hans var vanhelg orðin í Sovétríkjunum. Jafnvel eftir að Sovétríkin höfðu liðast í sundur hélt afi tryggð við sitt gamla átrúnaðargoð.

Mörg myndskeiðin (og aragrúi af ljósmyndum) eru svo tekin í vegavinnunni sem afi stundaði lengi vel á sumrin og eru þetta ugglaust verðmætar heimildir um lagningu vega á Íslandi.

Ég mun svo halda áfram að tína inn fleiri ljós- og kvikmyndir eftir því sem ég nenni og hef tíma til.

Lifandi myndir

Þá er ég loksins farinn að koma því í verk sem ég lofaði fyrir lifandi löngu: að koma á netið einhverju af kvikmyndunum hans afa, sem Gísli kom með á ættarmótið í fyrra á diski. Nokkur myndskeið eru komin inn hér. Svo setti ég líka nokkrar ljósmyndir hér.

Njótið vel.

Haggis

Eftir rúmlega árs hlé hef ég byrjað aftur að nostra eitthvað við þessa bloggsíðu. Ég kenni þar helst um einhverjum haustfiðringi í fingurgómunum ásamt heiladoða af völdum yfirvofandi Rannís-umsóknarfrests og tilheyrandi skrifum heilu og hálfu næturnar .

Annar ótvíræður haustboði er blessuð sláturtíðin, en við feðgar skelltum okkur í Hagkaup í gær og föluðum okkur til kaups þrjú slátur sem við tókum heim og föndruðum með eitthvað frameftir kvöldi (fátt hentar betur til að dreifa þreyttum huga en að taka slátur!)

Svona til að draga aðeins úr þjóðlega fílingnum tókum við Skotann á þetta og bjuggum til haggis, en það er skemmtilegt og sérdeilis bragðgott tilbrigði við lifrarpylsu. Uppskriftin sem við „fylgdum" var einhvern veginn svona:

Ca. 3 lúkur af heilum höfrum saxaðar eins vel og þolinmæði Snæbjörns leyfði, dreift á bökunarplötu og ristaðar við 150°C með blæstri í hub. hálftíma

3 hjörtu, 6 nýru, 3 þindar, 1 lifur og ein lúka af mör hökkuð ásamt 6 meðalstórum laukum

Öllu gumsinu, ásamt þetta 2-3 lúkum af haframjöli, ca. 2 kúfuðum teskeiðum af nautakrafti, slatta af Köd&Grillkryddi, vænum slatta af svörtum pipar, ca. 1-2 tsk salti og smá slatta af cayenne-pipar hrært saman. Sjóðandi vatni bætt út í þar til soppan er orðin hæfilega meðfærileg.

Soppunni mokað í keppi (rúmlega hálffylltir) og saumað fyrir.

Slátrið skal svo soðið í 3 klst og borið fram við sekkjarpípuleik með neeps & tatties (kartöflum og rófustöppu). Skolist niður með óblönduðu viskíi.

Við höfðum svo ekki orku í blóðmörinn í bili ... hann bíður betri tíma.

Góðar stundir

Myndasíður

Öddi (stóri) hefur einnig sett myndir af ættarmótinuá vefinn. Það má því skoða myndir frá ættarmótinu

hér (myndir Ödda),

hér (myndir Atla),

hér (myndir Tryggva) og

hér (myndirnar mínar).

Gjöriði svo vel!